Los primeros pobladores de Laguna Kana, procedian de un pueblo llamado Xmu´luuc, ubicado cerca de la comuninad de Chunhuas, actualmente.
Llegaron hasta Laguna Kana, buscando mejores tierras para el cultivo, la agricultura y la supervivencia, un factor importante para que se establecieran en Laguna Kana, fue el agua de la laguna, pues es un elemento importante para cualquier comunidad.
Segun los primeros pobladores, le pusieron ese nombre al poblado, por el color o la tonalidad amarillenta que se puede apreciar del agua de la laguna a las doce del medio dia, cuando hay mucho sol; sin embargo el nombre original se ha distorcionado como el de todas las comunidades.
Inicialmente, lo nombraron Laguna Kaa´h naab, kaa´naab, siginifica mar en maya, y la comunidad se llamaba laguna kanab.
Otro nombre es Laguna kaán jaa, o laguna amarilla, y finalmente en la actualidad se le quedo el nombre de laguna kana.